尖锐湿疣一般都可以（指近期效果）治愈，但就目前的医学而论，还没有一种方法和药物能够保证一次治疗后永远不会复发。其复发率约为30%左右。

尖锐湿疣容易复发的原因是多方面的：

（1）上皮病变   尖锐湿疣的病变过程主要发生在上皮组织内，人体皮肤粘膜的免疫系统存在于上皮下的真皮层内，由于上皮组织的基底层的阻隔，真皮内免疫系统不能与表皮内 HPV病毒颗粒接触而建立起有效的免疫应答反应，因而使不少尖锐湿疣久治不愈，这种情况同样见于青年人面部的扁平疣及手上的寻常疣。

（2）亚临床感染   男性亚临床感染多发生于阴茎，为体积较小的无蒂疣，直径大小1－3毫米。另一种常见于阴茎、肛周，肉眼不能见，只能在显微镜下才能见到病变。女性宫颈的人类乳头瘤病毒亚临床感染要借助阴道镜检查才能发现。临床治疗时，医生只能清除肉眼能看见的那部分疣组织，对于肉眼看不见的病变是无法清除的。经过一段时间，肉眼看不见的病变就发展为肉眼能见的疣组织。

（3）再感染   夫妻一方治愈了，而另一方是亚临床感染或病毒携带者，通过性生活又被传染上，导致复发感染。

（4）治疗不当   某些患者没有正规治疗或治疗不彻底，表面症状消失了，就以为好了，实际上病毒携带者，时间不久，又复发了。少数病人由于性关系长期混乱，导致反复感染。