尖锐湿疣的皮损形态可为扁平丘疹、有蒂的疣状、乃至菜花状或鸡冠状，临床上需与下列疾病鉴别：

1、二期梅毒的扁平湿疣：为扁平状隆起，无蒂，湿润而光滑，病损处可查见大量梅毒螺旋体，梅毒血清反应强阳性。

2、鳞状细胞癌：常形成遗疡，癌组织浸润明显，必要时组织病理检查。

3、鲍温样丘疹病：本病与HPV感染有关，皮损有斑疹，苔癣样或色素性丘疹，疣状，或形成斑状，组织学类似鲍温病。

4、阴茎珍珠样丘疹：皮疹为白色、肤色或淡红色珍珠样小丘疹，直径为1～3mm，表面光滑，也可呈尖锐毛状或丝状，沿龟头后缘冠状沟处，排列一行或数行，可部分或环绕龟头。无不洁性交史，醋酸白试验不呈白色反应，易于鉴别。

5、女性假性湿疣：皮疹为1～2mm直径的淡红色或白色丘疹，表面光滑，对称分布于两小阴唇内侧，阴道前庭，呈绒毛状或鱼子状外观，有时可见息肉状小丘疹。

6、皮脂腺异位病：发生于口腔、阴茎龟头、阴唇粘膜，为黄色小丘疹，组织学检查为成熟的皮脂腺小叶。